Como regla general, la Real Academia indica que los prefijos «se unen directamente a la palabra base (antinatural, prerrevolucionario, etc.)». Sin embargo, en los casos en los que los prefijos anteceden a una palabra que se escribe con mayúscula inicial (como un nombre propio o una sigla), lo correcto es anteponer un guión. Así tenemos ejemplos como los que ofrece la RAE: anti-OTAN, anti-Mussolini. Además, el guión sirve para coordinar prefijos asociados a una misma palabra base, como en «Se harán descuentos en casos de pre- o recontratación de servicios».
En algunos casos, los prefijos se escriben separados de la base léxica, pero la separación es solamente un espacio, sin guión de por medio. Esto sucede cuando la base a la que afectan consta de más de una palabra, como en el ejemplo de alto cargo: «el ex alto cargo del FMI», «los grupos anti pena de muerte». Estos prefijos son bastante corrientes y se los conoce como prefijos separables.
Por último, un comentario sobre la acentuación de los prefijos: estos son elementos átonos y carecen de acento prosódico, por lo que nunca llevan tilde (ni tan siquiera en aquellos casos en los que aparecen separados de su base léxica).
¡Espero que este breve resumen nos ayude a recordar las normas de prefijación y nos evite alguna que otra consulta en el futuro!